Otvoreni kod u mozaiku otvorene znanosti
Vedran Miletić, Fakultet informatike i digitalnih tehnologija
Izvor slike: Wikimedia Commons File:FIDIT-logo.svg
Mutimir 2022 (Udruga Penkala), Hotel Matija Gubec, 28. prosinca 2022.
Predstavljanje predavača
- Docent, Fakultet informatike i digitalnih tehnologija, Sveučilište u Rijeci
- Voditelj Grupe za aplikacije i usluge na ekaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi (engl. Group for Applications and Services on Exascale Research Infrastructure)
- Računarstvo (formalno), računalna biokemija (realno)
- Razvoj istraživačkog softvera za superračunala i računalne oblake
- Fokus: simulacija molekulske dinamike biomolekula
Otvorena znanost
Izvor slike: Wikimedia Commons File:Osc2021-unesco-open-science-no-gray.png
Mentimeter: Što je za vas otvoreni kod / slobodni softver?
Posjetite www.menti.com i upišite kod 1866 0700
Crtice iz povijesti
- Richard Stallman, FSF i GNU, 1983.
- slobodni softver (engl. free software)
- Netscape/Mozilla 1998., preteča Firefoxa
- kontekst: dot-com boom, počeci bogatih web aplikacija (web 2.0)
- otvoreni kod (engl. open source)
- posljedica: Google Chrome, Microsoft is dead
Tradicionalni tzv. akademski pristup licenciranju softvera
- akademska primjena bez naknade
- komercijalna primjena zahtijeva posebnu licencu
- pristup izvornom kod dozvoljen suradnicima na projektima
Stanje znanstvenog softvera (1/2)
- List of protein-ligand docking software
- List of quantum chemistry and solid-state physics software
- List of systems biology modeling software
- List of bioinformatics software
- List of free geology software
Stanje znanstvenog softvera (2/2)
- Python/Jupyter, R, Julia
- program-prevoditelji i biblioteke za Fortran, C, C++ i Rust
- Comparison of deep learning software
- Još primjera?
Everything as a Service
- aplikacije i usluge dostupne u oblaku (GMail, Adobe CC, Overleaf, Office 365, Figma, BioRender itd.)
- tzv. web serveri u znanosti: Charmm-gui, SwissParam, HADDOCK, webSDA itd.
- sadašnjost i budućnost znanosti: ELIXIR Services
- programski kod usluge i pripadna dokumentacija mogu biti otvoreni, svatko može pokrenuti svoju instancu aplikacije ili usluge
- mogućnost federacije, npr. kao Mastodon
- mogućnost dobrovoljnog računanja, npr. kao Folding@home
Načela slobodnog softvera otvorenog koda i prednost u otvorenoj znanosti
-
The freedom to run the program, for any purpose.
- reproducibilnost znanstvenog procesa
-
The freedom to study how the program works, and change it so it does your computing as you wish.
- istraživački rad
-
The freedom to redistribute copies so you can help your neighbor.
- suradnja
-
The freedom to distribute copies of your modified versions, giving the community a chance to benefit from your changes.
- objava rezultata
Zaključak
- Doba licenciranja softvera po defaultu kao slobodnog softvera otvorenog koda nije privremena povijesna epizoda; ono je epoha
- Doba besplatnog tzv. akademskog softvera je završilo 2000-ih omasovljenjem korištenja interneta i dolaskom Weba 2.0
Author: Vedran Miletić