Preskoči na sadržaj

Praktični vodič za Python modul RDKit: moduli i funkcije

Biblioteka `RDKit`

RDKit (web sjedište, stranica na Wikipediji) je programska biblioteka pisana u jezicima C++ i Python za računalnu kemiju koja omogućuje analizu, vizualizaciju i modeliranje molekula. Koristi se za istraživanje kemijskih svojstava i procesa.

Modul biblioteke `RDKit`

Modul	Opis
`rdkit.Chem`	Pruža osnovne alate za kreiranje, manipulaciju i analizu molekulskih struktura

Funkcije unutar `Chem` modula

Funkcija	Opis
`MolFromSmiles`	Pretvaranje SMILES zapisa kemijskih spojeva u RDKit-ov objekt molekule
`MolToSmiles`	Pretvaranje objekta u znakovni niz u format SMILES

Funkcije unutar `Draw` modula

Funkcija	Opis
`MolToImage`	Crtanje jedne molekule na ekranu
`MolToFile`	Pohrana slikovne datoteke
`MolsToGridImage`	Omogućuje istovremeni prikaz više molekula

Funkcije unutar `Descriptors` modula

Funkcija	Opis
`MolWt`	Izračunava molarnu masu (g/mol)
`HeavyAtomCount`	Broji atome u molekuli (osim vodika)
`NumValenceElectrons`	Računa ukupan broj valentnih elektrona u molekuli
`RingCount`	Izračunava broj prstenova unutar molekule
`MolLogP`	Izračunava hidrofobnost molekule, izraženu kao logaritamski omjer raspodjele između vode i oktanola

Primjer

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import Descriptors

# Definira varijablu molekula iz SMILES zapisa
molekula = Chem.MolFromSmiles("(=O)O")

# Izračun i ispis opisnika
molarna_masa = Descriptors.MolWt(molekula)
print("Molarna masa:", molarna_masa, "g/mol")

# Pohrana slikovne datoteke
Draw.MolToFile(molekula, "slika.png", size=(500,500), legend="Mravlja kiselina")

# Crtanje molekule na ekranu
Draw.MolToImage(molekula)

Author: Ema Penezić, Matea Turalija Reščić