Baza struktura proteina RCSB PDB
RCSB PDB je najpoznatija baza struktura proteina. Strukture proteina dobivene su različitim eksperimentalnim metodama.
Svaki protein u bazi ima jedinstven kod koji se sastoji od 4 slova ili brojke.
Pretraživanjem dobivamo rezultate koje možemo preuzimati jedan po jedan ili odjednom odabirom mogućnosti Download Selected Files.
Odabirom jednog proteina iz rezultata i otvaranjem njegove stranice dobivamo brojne podatke strukturi (eksperimentalna metoda kojom je dobivena, ligandi koji su vezani na protein, sekvence, radovi i drugo). Postoji mogućnost pregledavanja prikaza različitih struktura ako ih je više te mogućnost pregledavanja 3D prikaza proteina već u samom web pregledniku.
Osim toga, imamo mogućnost preuzimanja sekvence proteina u formatu FASTA i strukture proteina u formatu PDB i brojnim drugima.
Ostale baze proteina
- UniProt je baza sekvenci proteina i pripadnih funkcionalnih informacija.
- GPCRdb je baza fokusirana na receptore spregnuti s G-proteinom.
Author: Vedran Miletić