Instalacija i konfiguracija softvera za vježbe iz kolegija Informatika (BioTech)

Upute u nastavku pisane su za korisnike Microsoftovih operacijskih sustava Windows, verzije 10 i 11. Ako ste korisnik Ubuntua, možete preskočiti dio uputa koji je specifičan za operacijski sustav Windows i odmah početi s upisivanjem naredbi danih naredbi u terminalu.

Priprema operacijskog sustava Windows

Korištenjem sustava Windows Update instalirajte sve dostupne nadogradnje. Po potrebi, ponovno pokrenite računalo kad Windows to zatraži. Ovaj korak je nužan preduvjet za instalaciju preostalog softvera i s njime ste gotovi tek kada vam Windowsi prestanu nuditi ikakve nadogradnje za instalaciju.

Instalacija podsustava Windows Subsystem for Linux (WSL)

Instalirajte Windows Subsystem for Linux (WSL) prema Microsoftovim uputama, specifično odjeljku Install WSL command. Nemojte zaboraviti pokrenuti PowerShell ili Windows Command Prompt kao administrator prije upisivanja navedene naredbe.

Windows Terminal

Dok čekate da WSL odradi svoje, iz Microsoftovog Storea instalirajte Windows Terminal.

Ubuntu on WSL

Nakon ponovnog pokretanja operacijskog sustava Ubuntu bi se trebao pokrenuti sam. Ako se to ne dogodi, pokrenite Ubuntu i pričekajte da se instalira; instalacija će trajati najviše nekoliko minuta. Nakon završetka instalacije postavite korisničko ime, postavite zaporku (nećete vidjeti znakove koje utipkate) i ponovite unos iste zaporke. Kad dobijete pozdravnu poruku, možete zatvoriti Ubuntu.

Ako ste nehotice zatvorili Ubuntu prije unosa svih podataka i time prekinuli instalaciju, vratite instalirani Ubuntu u početno stanje prema Microsoftovim uputama pa ponovite postupak instalacije i postavljanja korisničkog imena i lozinke.

Priprema operacijskog sustava Ubuntu

Pokrenite Windows Terminal pa korištenjem dropdown izbornika u njemu otvorite Ubuntu ili pokrenite Terminal na Ubuntuu. Upišite naredbu:

$ sudo apt update
(...)

i vašu zaporku kad vas upita. Zatim upišite naredbu:

$ sudo apt upgrade
(...)

i prihvatite nadogradnje koje vam ponudi.

Python

Upišite redom naredbe:

$ sudo apt install python-is-python3 python3 python3-pip python3-ipykernel python3-autopep8 pylint
(...)

$ sudo apt install python3-rdkit python3-sympy python3-numpy python3-scipy python3-matplotlib python3-pandas
(...)

Računalna kemija, kemoinformatika i Bioinformatika

Avogadro za Windowse

Preuzmite Avogadro sa službenih stranica. Instalirajte ga sa zadanim postavkama. Ako se kod pokretanja požali da mu nedostaju određene datoteke .dll, instalirajte verziju 1.90.0 za 64-bitne Windowse umjesto 1.2.0 za 32-bitne.

OpenBabel za Windowse

Preuzmite OpenBabel sa službenih stranica. Instalirajte ga sa zadanim postavkama.

PyMOL za Windowse

Preuzmite PyMOL sa službenih stranica. Instalirajte ga sa zadanim postavkama. Ako se u instalaciji požali na duljinu putanje, instalirajte ga za sve korisnike uz korištenje administratorskih ovlasti umjesto samo za sebe.

UGENE za Windowse

Preuzmite UGENE sa službenih stranica. Instalirajte ga sa zadanim postavkama.

Avogadro, OpenBabel, PyMOL i UGENE za Ubuntu

U (Windows) Terminalu upišite redom naredbe:

$ sudo apt install avogadro openbabel openbabel-gui python3-openbabel pymol ugene
(...)

FastQC, Trim Galore!, Trinity RNA-Seq, Bowtie 2, Samtools, Integrative Genomics Viewer (IGV)

Upišite redom naredbe:

$ sudo apt install fastqc trim-galore trinityrnaseq bowtie2 igv samtools
(...)

FASTX-Toolkit

Prvo instalirajte cURL koji ćemo iskoristiti za preuzimanje paketa:

$ sudo apt install curl
(...)

Zatim upišite redom naredbe:

$ curl -O http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/f/fastx-toolkit/fastx-toolkit_0.0.14-5_amd64.deb
$ sudo apt install ./fastx-toolkit_0.0.14-5_amd64.deb
(...)

Visual Studio Code

Preuzmite Visual Studio Code sa službenih stranica. Instalirajte ga sa zadanim postavkama.

Proširenje za VS Code: Remote - WSL

Ako ste na Windowsima, u dijelu Extensions koji se nalazi u Side Bar-u (pregled sučelja) instalirajte proširenje za udaljeni rad korištenjem WSL-a i povežite se na Ubuntu koji ste instalirali.

Proširenje za VS Code: Python

Ako ste na Windowsima, uvjerite se da ste povezani na WSL pogledom u donji lijevi kut gdje bi trebalo pisati WSL: Ubuntu; ako to ne piše, prvo se povežite na Ubuntu u WSL-u prema uputama danim u prethodnom dijelu.

Kad ste se uvjerili da ste povezani na Ubuntu, instalirajte proširenje za Python.

Obrada dokumenata

Marp, Pandoc i LibreOffice