Baza bioaktivnih molekula ChEMBL

ChEMBL je vrlo značajna baza kemijskih spojeva i drugih podataka (mete, eseji, dokumenti, stanice i tkiva).

Pretraga

Pretragom dobivamo rezultate koje možemo preuzeti kao CSV i TSV (datoteke u kojem su elementi retka odvojeni točkom i zarezom, odnosno znakom tabulatora, prikladne za obradu u tabličnom kalkulatoru ili alatu kao pandas). Osim toga, možemo preuzeti SDF datoteku s rezultatima pretraživanja koju ćemo koristiti u alatima za vizualizaciju molekula (dobit ćemo datoteku komprimiranu GZIP-om, što na Windowsima možemo raspakirati korištenjem 7-Zipa).

Format SDF je vrlo popularan među softverima za molekularni docking, a nastao je kao proširenje formata MDL Molfile koje omogućuje dodavanje metapodataka o molekuli i pohranjivanje više molekula unutar jedne datoteke.

Podaci o spoju

Odabirom bilo kojeg rezultata pretrage dobit ćemo detaljan izvještaj o tom spoju (sliku, naziv(e), svojstva i dr.).

Nama je zanimljiv dio Representations gdje možemo preuzeti spoj u formatima MDL Molfile (SDF sa samo jednim spojem u njemu) i SMILES. Zapis u formatu InChI je također dostupan, ali on nam rjeđe treba.

Ostale baze slične namjene

• ChemSpider
• PubChem

Author: Vedran Miletić