Vizualizacija i uređivanje molekula alatom Avogadro
Avogadro je je napredni vizualizator i editor molekula, dizajniran za korištenje na više platformi u računalnoj kemiji, modeliranju molekula, bioinformatici, znanosti materijala i srodnim područjima.
Projekt je nastao 2006. kao odgovor na potrebe i nedostatke koji su bili primjećivani u ranije postojećim rješenjima komercijalnog softvera i programa otvorenog koda.
Osnovno korištenje
Avogadro koristi koordinatni sustav koji vidimo u donjem lijevom kutu.
Alatom Draw Tool
u traci s alatima možemo crtati molekule. Kako bismo odabrali atome koje želimo i automatsko dodavanje vodika, možemo otvoriti Postavke alata
.
U Postavkama prikaza
možemo odabrati različite reprezentacije molekula, od kojih su nam korisne Ball and Stick
, Stick
, Van der Waals Spheres
te Force
koja prikazuje silnice na pojedinim atomima.
Alatom Manipulation Tool
možemo pomicati pojedine atome. Postoji i varijanta Bond Centric Manipulation Tool
.
Uključimo li Auto Optimization Tool
, sve molekule će prijeći u stanje minimalne energije. Kasnijim potezanjem pojedinih atoma možemo steći uvid u karakteristike molekule.
Planarne molekule
Baze kemijskih spojeva kao što je ChEMBL uglavnom imaju spojeve u 2D-u s nerealno kratkim kemijskim vezama. Kod otvaranja takvih spojeva Avogadro će ponuditi pretvorbu koordinata u 3D.
Avogadro 2
Avogadro je danas robusno, fleksibilno rješenje koje povezuje i koristi snagu Visualization Toolkit (VTK), program otvorenog koda za 3D grafiku, procesiranje slika i vizualizaciju) uz dodatne mogućnosti analize i vizualizacije.
Avogadro projekt je u završim fazama ponovnog pisanja središnjih struktura podataka, algoritama i sposobnosti vizualizacije kojeg su autori nazvali Avogadro 2, iako se na službenim stranicama Avogadra još uvijek preporuča stara verzija.
Avogadro 2 nije samo nova verzija Avogadra -- umjesto ažuriranja i nadogradnje ranijih verzija, cijeli kod je nanovo napisan zbog problema u radu Avogadra sa većim skupovima podataka, nesavršenog sučelja i želje da se proširi područje primjene originalno namijenjeno korisnicima Avogadra. Također, jedna od bitnih promjena u odnosu na originalni Avogadro je primjena modularnosti u dizajnu koja dopušta veće korištenje komponenti, kao i manji broj međuovisnosti na druge alate. Autori ističu kako Avogadro 2 još uvijek nema sve funkcionalnosti Avogadra, stoga je moguće imati i koristiti oba na istom sistemu.
Author: Irena Hartmann, Vedran Miletić