Informatika (BioTech)
Predavanja
- Sveprisutna i prožimajuća računala
- Povijesni pregled razvoja računala i temelji računarske znanosti
- Povijesni pregled razvoja Unixa u AT&T-u i drugim tvrtkama
- Povijesni pregled razvoja Unixa na Kalifornijskom sveučilištu u Berkeleyu
- Razvoj slobodnog operacijskog sustava sličnog Unixu
- Softver otvorenog koda
- Znanstveni softver
- Osnovni pojmovi paralelnog, distribuiranog i heterogenog računarstva
- Superračunala
- Računarstvo u oblaku
- Intelektualno vlasništvo nad softverom, podacima i znanstvenim radovima
- Upute za upravljanje bibliografijom korištenjem alata Zotero
- Kemoinformatika i računalna kemija
- Bioinformatika
Vježbe
Rad sa osnovnim funkcijama i postavljanje operacijskog sustava
- Uvod u komandnolinijsko sučelje
- Stablo direktorija
- Baratanje datotekama u datotečnom sustavu
- Instalacija operacijskih sustava Fedora i CentOS korištenjem instalacijskog alata Anaconda
- Instalacija operacijskog sustava Debian korištenjem instalacijskog alata Debian-Installer
Programska podrška i baze podataka u bioinformatici i kemoinformatici
- Baza bioaktivnih molekula ChEMBL
- Format za unos formula molekula SMILES
- Python modul RDKit
- Vizualizacija i uređivanje molekula alatom Avogadro
- Pretvorba formata alatom Open Babel
- Baza struktura proteina RCSB PDB
- Vizualizacija molekula u alatu PyMOL
Obrada dokumenata i izrada prezentacija
- Suradnički uređivač teksta HackMD i jezik Markdown
- Snimanje zvuka, videa i dijelova zaslona programom OBS Studio
Osnove programiranja i obrade podataka
- Programiranje i programski jezik Python
- Osnovna sintaksa programskog jezika Python
- Python: ulaz i izlaz
- Rad s Python modulom numpy
- Rad s Python modulom matplotlib i sučeljem pyplot