#!/bin/bash

set -e

gmx grompp -f mdp/min.mdp -o min -pp min -po min
gmx mdrun -deffnm min

gmx grompp -f mdp/min2.mdp -o min2 -pp min2 -po min2 -c min -t min
gmx mdrun -deffnm min2

gmx grompp -f mdp/eql.mdp -o eql -pp eql -po eql -c min2 -t min2
gmx mdrun -deffnm eql

gmx grompp -f mdp/eql2.mdp -o eql2 -pp eql2 -po eql2 -c eql -t eql
gmx mdrun -deffnm eql2

gmx grompp -f mdp/prd.mdp -o prd -pp prd -po prd -c eql2 -t eql2
gmx mdrun -deffnm prd